Segunda entrega del famoso videojuego japonés. Ash Ketchum, Pokémon y sus amigos llegan a la isla de Shamouti, y allí se transformarán en los protagonistas de una leyenda reencarnada; el equilibrio de la naturaleza representado por las tres poderosas aves Moltres (que domina el fuego), Zapdos (que representa los relámpagos) y Articuno (que conserva el hielo). Cuando Moltres resulta secuestrada según la profecía sólo un humano podrá salvarla.

El profesor Spencer Hale, un concienzudo investigador de los Pokémon, ha estado trabajando muy duro para conocer los secretos de un misterioso Pokémon llamado los Unown. Los Unown aparecen como 26 entidades individuales con las formas de letras del alfabeto. Tienen la capacidad de leer los sueños, pensamientos y emociones humanos y hacerlos realidad, pero un tipo especial de realidad. Mientras está trabajando, el profesor es repentinamente arrastrado a otro mundo, del mismo modo en que desapareció su esposa dos años antes mientras investigaba el misterio de los Unown. Su hija pequeña, Molly, está ahora completamente sola en la casa de los Hale sin su madre ni su padre, y sin nadie que la consuele. Angustiada, Molly sólo sueña con reunirse con su padre. Los Unown se dan cuenta de su soledad y transforman su simple deseo en acción, rodeando la casa de los Hale con un colosal muro de cristal y creando un mundo imaginario en su interior donde Molly puede ver cumplido su mayor deseo.